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医生在B超引导下应用特殊的取卵针经阴道穿刺成熟的卵泡，吸出卵子。取卵通常是在静脉麻醉下进行。因此妇女并不会感到穿刺过程导致的痛苦。由于卵子怕光，因此该环节需在微弱光线的环境下进行。
同时丈夫在医生的指导下进行取精。用于体外受精的精子可以是新鲜采集的精液，也可以是冷冻保存的精液或者是从睾丸、附睾内抽取的精子。精液采集前需进行必要的清洁与消毒，用于采集精液的容器为经过消毒的无菌采集器。精液采集后，需由专门的医护人员马上送往实验室。
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